Quando fu fondata Neo Arcadia, era un santuario che rappresentava la pace tra l'uomo e i replicanti. Ma ciò non era destinato a durare, una guerra imminente minacciava il mondo...
Gli avversari di Megaman sono davvero tanti, c'è bisogno del vostro aiuto per sconfiggerli tutti!
Questo gioco copre infatti la storia mancante tra la serie Megaman X e quella Megaman Zero.

Si gioca con i tasti W, A, S, D, mentre per attaccare con F, saltare con G, lanciarsi con R e usare l'arma secondaria con T. Tuttavia i comandi sono completamente personalizzabili all'inizio del gioco, potete impostare quindi quelli che preferite.